Den Ofen auf 375 Grad vorheizen.
Die Gnocchi nach Packungsanweisung zubereiten. Die Gnocchi abtropfen lassen und in einer flachen, mit Antihaft-Spray besprühten Auflaufform (1,5 Liter) einschichtig auslegen.
Die Butter in einem mittelgroßen Topf bei mittlerer Hitze schmelzen. Knoblauch einrühren und ca. 30 Sekunden lang duftend kochen. Das Mehl mit dem Schneebesen einrühren, bis es eindickt und Blasen wirft, dann die Milch und den Dijon einrühren. Unter ständigem Rühren kochen, bis die Mischung leicht eingedickt ist, etwa 3-5 Minuten.
Gruyere und Fontina mischen, dann handvollweise in die Milchmischung geben und rühren, bis der Käse geschmolzen ist, bevor die nächste Handvoll hinzugefügt wird. Sobald der gesamte Käse geschmolzen ist, die Sauce mit Salz und Pfeffer abschmecken.
Die Sauce über die Gnocchi gießen und mit Parmigiano-Reggiano bestreuen. Die Gnocchi backen, bis sie aufplatzen und der Käse goldbraun und blubbernd ist, etwa 25 Minuten.
Gnocchi vor dem Servieren 5 Minuten ruhen lassen.